畸形精子症主要是由内因和外因所导致的，内因是某些遗传代谢性疾病损害睾丸的生精功能，从而出现大量的畸形精子，如圆头精子、无头精子、大头针样精子等。外因是生活方式、环境因素等。睾丸发育不好、睾丸内生殖激素水平的异常、严重的精索静脉曲张、严重的食物中毒、环境有害因素等都可能会导致精子畸形症。精子畸形症是多因素导致的，少数患者是由于遗传或者自身内分泌的原因引起的，大部分患者和环境、饮食、生活方式等有关的。有毒有害的物质通过各种途径，不断的作用于男性的生殖器官，最后导致精子发育异常。