畸形精子症会影响生育。大多数人精液内都会有不同程度的畸形，但并不会影响生育。只要不是百分之百的畸形精子症，仍然是有自然怀孕的机会。真正严重畸形的精子是不容易怀孕或者没有任何怀孕的机会。世界卫生组织第5版的形态标准只用与判断是否有畸形精子，在临床上对自然怀孕的判断价值不是很大。