启脾丸和健脾丸有部分相同的组成成分，因此都具有健脾、开胃的作用，但是两药的适应症存在一定的区别，因此患者如果无法确定自己适合使用哪种药物，可以寻求医生或药师的帮助。
启脾丸和健脾丸的具体区别：
1、组成成分：启脾丸由人参、炒白术、茯苓、甘草、陈皮、山药、莲子（炒）、炒山楂、六神曲（炒）、炒麦芽、泽泻组成；健脾丸由党参、炒白术、陈皮、枳实、炒山楂、炒麦芽组成。
2、功能主治：启脾丸补气、调和脾胃的功效更强，适用于食积、厌食、疳积（小儿由于喂养不当，或由于多种疾病的影响，使脾胃受损而导致全身虚弱、消瘦面黄、发枯等）、泄泻；健脾丸开胃功效更强，调和脾胃的功效弱一些，适用于脘腹胀满、胃痛、消化不良、泄泻。
两药都是非处方药，患者都可以自行购买使用，使用启脾丸7天症状不见好转或者使用健脾丸3天症状不见好转，可能是药不对症，需要到医院就诊。