儿童应用阿奇霉素干混悬剂最主要的副作用就是胃肠道的不良反应，表现为恶心、呕吐、腹泻、稀便、腹部不适（疼痛或痉挛）、胃肠胀气等消化道症状。其次，部分儿童服药后可能出现肝功能损害，引起转氨酶、胆红素升高。个别会出现听力损害包括听力丧失、耳鸣或耳聋，但大多数患者的听力可恢复。本品还可引起皮疹和血管神经性水肿在内的过敏反应，以及血液系统副作用，如白细胞减少或者血小板减少，通常比较少见。阿奇霉素最严重的副作用是对于原有心脏疾病、心律失常的儿童，可以诱发猝死。但这个药物对于非典型病原菌，例如肺炎支原体、肺炎衣原体和嗜肺军团菌等等，引起的上呼吸道感染或者肺部感染的治疗，相对于其他抗生素，更有效、更安全。所以，临床上医生还是会给小孩开具这种处方药。
需要注意的是，因为阿奇霉素对胃肠道有一定的刺激性，而食物又会影响到阿奇霉素的吸收，所以建议儿童如果要服用阿奇霉素干混悬剂的话，应该在餐后两小时服用，或者是在医生指导下遵医嘱服用。用药期间要避免暴晒，建议外出时使用防晒霜或者穿上防晒衣，因为阿奇霉素可能会使皮肤更容易晒伤。由于阿奇霉素有一定肝毒性，用药过程中如果出现任何肝病迹象，如皮肤或眼白发黄、右上腹痛、泥状大便、严重恶心和呕吐，请立即联系医生。为减少胃肠道反应出现，服药期间要戒酒，同时饮食方面也要尽量清淡，不要吃辛辣刺激、油腻、生冷的食物。用药期间要注意监测身体的反应，出现任何严重、持续或进展性情况均须及时与医生沟通。