新生儿便秘可由以下因素引起：

1、肠道发育异常：患儿刚出生后不排胎便，尤其生后24、48小时依然不排胎便，首先要检查是否存在肠道的发育异常，如先天性无肛等。

2、先天性巨结肠、胎粪粘稠：如果新生儿存在正常肛门结构，则便秘可能与先天性巨结肠或胎粪粘稠有关。医生首先会进行通便治疗，如果治疗后胎便排出顺畅，并且可以在48小时之内排掉，则一般是胎粪粘稠；如果治疗后仍不能自助排便，则是先天性的巨结肠，此时需要人工辅助排便。

3、其他：喂养不耐受以便秘为首发表现，如牛奶蛋白过敏等因素可以引起便秘。先天性甲状腺功能低下也可以引起便秘，可通过追问足跟血结果、复查甲状腺功能等措施，判断便秘是否由甲状腺功能低下引起。