新生儿便秘应根据病因进行治疗，

1、胎粪粘稠导致的新生儿便秘，开塞露灌肠治疗后就可以恢复正常。

2、先天性巨结肠导致的新生儿便秘，新生儿期不做手术，要反复进行灌肠甚至洗肠，保持大便的通畅；度过新生儿期后，可进行手术治疗。

3、内科病导致的新生儿便秘，应针对原发病进行治疗，比如先天性甲状腺功能减低患儿要使用左甲状腺素钠进行治疗。

4、牛奶蛋白过敏导致的新生儿便秘，可能需要通过一些适度水解的配方奶甚至深度水解的配方奶进行替代治疗，此类患儿一般是以便秘为首发表现的晚期新生儿。

5、肠道功能异常导致的间断便秘，3~5天内可暂不进行特殊治疗，如果一段时间后始终不排便，可以用开塞露刺激肛门周围或服用一些乳果糖，以促进排便。