大部分卵巢囊肿为生理性的囊肿，也就是月经周期会出现黄素化囊肿。这些囊肿往往很小，患者一般没有特殊的症状，发生疼痛的可能性也小。如果是卵巢子宫内膜异位囊肿，即卵巢巧克力囊肿，可以导致痛经，甚至会引起慢性的盆腔疼痛，且有逐渐加重的趋势。如果卵巢囊肿发生扭转或破裂，会导致急腹症，此时则需进行急诊手术干预和处理。如果卵巢囊肿在短期内迅速增大，患者也会伴有下腹的疼痛和不适。