对于生理性的卵巢囊肿，如滤泡囊肿和黄体囊肿，一般会随着月经周期的改变自行消失。病理性的囊肿是属于卵巢肿瘤的一种，一般不会自行消退。对于症状轻、体积小的卵巢巧克力囊肿，通过药物治疗，如假孕疗法和假绝经疗法等进行干预，可以使患者的卵巢巧克力囊肿缩小甚至消退。巢输卵管的囊肿多为慢性炎症导致的后遗症，如因慢性盆腔炎导致输卵管伞端闭锁，浆液性渗出聚集而形成的囊肿，通过口服和静脉注射进行抗炎治疗，囊肿有消退的可能性。