香砂六君丸具有益气健脾、和胃的功效，用于脾虚气滞引起的消化不良、嗳气、打嗝、食少、腹胀、大便稀薄不成形，也可用于有上述症状的急、慢性胃炎，以及胃、十二指肠溃疡，或者功能性腹胀、慢性消化不良等。
患者在用药前，应明确是否适合使用本品，自己不能判断的，买药前可以咨询医师或者药师。伴有口干舌燥、大便干症状的患者不适合使用本品；急性胃肠炎患者，即表现为恶心、呕吐、稀水样大便、腹痛的患者，也不适合使用本品治疗；孕妇应避免使用；儿童、哺乳期妇女、年老体弱者，以及高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者请在医师指导下使用，以减少用药风险。
患者服用本品治疗3天，如果症状未见缓解，要立即停用并到医院就诊。用药期间，还应避免进食生冷、油腻、不易消化的食物，并且要戒烟酒。