香砂六君丸具有益气健脾、和胃的功效，适用于脾虚气滞的人群，此类患者常见消化不良、嗳气、打嗝、食少、腹胀、大便稀薄不成形的症状。本品也可用于有上述症状的急、慢性胃炎，以及胃、十二指肠溃疡，或者功能性腹胀、慢性消化不良等，但这些疾病的患者最好在医师指导下合理用药治疗。
症状轻微的患者通常可以根据自己的症状，自行选择使用本品，但伴有口干舌燥、大便干症状的患者不适合使用本品；急性胃肠炎患者，即表现为恶心、呕吐、稀水样大便、腹痛的患者，也不适合使用本品治疗；孕妇应避免使用；儿童、哺乳期妇女、年老体弱者，以及高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者请在医师指导下使用。
患者用药前，除了需要注意是否对症用药外，还应注意药物的禁忌和注意事项，以减少用药风险。用药时还应严格按照说明书使用，不要擅自更改剂量或者久服。