由于香砂六君丸中含有制半夏、炙甘草，所以不建议和川乌、草乌、附子、甘遂、大戟、海藻、芫花或其制剂同时使用，如大活络丹、小活络丸、木瓜丸、追风透骨丸、附子理中丸、桂附地黄丸、舟车丸等，以免药物之间发生相互作用，而产生严重的毒副反应。服药期间，如果需要同时使用其他药物，请提前咨询医师或药师，以排除合并用药禁忌。
香砂六君丸具有益气健脾、和胃的功效，用于脾虚气滞引起的消化不良、嗳气（打嗝）、食少、腹胀、大便稀薄不成形。患者在使用本品前，应明确是否适合使用本品治疗，如果自己不能判断，买药前可以咨询医师或者药师。患者服用本品治疗3天，通常症状可见一定程度的好转，如果症状未见缓解，要立即停用并到医院就诊。用药期间，还应避免进食生冷、油腻、不易消化的食物，并且要戒烟酒。