金水宝胶囊没有特别明确的配伍禁忌，但也不建议患者自行合用其他药物。如果需要同时使用其他药，请提前咨询医师或者药师，避免药物间相互影响，而导致药效降低。
本品常用于肺肾两虚，精气不足导致的咳嗽无力、久咳、神疲乏力、失眠、健忘、腰膝酸软、月经不调、阳痿、早泄等，也用于慢性支气管炎、慢性肾功能不全、高脂血症、肝硬化有上述症状的患者。个别患者饭前服药后，有胃部不适感，但很快会自行消失，建议饭后用药。
本品可能引起过敏反应，主要表现为大小不一的红色丘疹并感到瘙痒，同时伴有气喘、胸闷、头晕、心慌等症状，如果有过敏的情况，应立即停用，症状严重者要及时就医。用药期间，如果还出现了其他严重不适症状，也应及时咨询医师或到医院就诊。