新生儿巨细胞病毒感染症状取决于感染巨细胞病毒的时间段。在妊娠前三个月感染巨细胞病毒，孩子刚出生可能会有小头畸形、发育迟滞、颅内钙化、听觉功能异常等。如果在妊娠的中期或中后期感染巨细胞病毒，部分孩子出生后可能会有胆汁淤积，甚至会有胆道闭锁，会逐渐出现大便发白、小便色浅等胆道疾病的表现。部分孩子没有宫内感染，尤其是早产儿，出生后由于母亲的乳汁被病毒感染，部分孩子可表现为黄疸消退延迟、肝酶增高。