婴幼儿百日咳的诊断一方面根据症状，如长期的咳嗽，甚至是典型的痉挛性咳嗽，就提示可能有百日咳。另一方面，可以做痰涂片、病原体的核酸检测或者细菌培养、痰培养等检查分泌物中有没有百日咳嗜血杆菌，从而进行确诊。如果痰中找不到病原体，医生会根据孩子咳嗽的症状，进行经验性的治疗。