由于湿毒清胶囊含有苦参、丹参，所以不建议和藜芦或其制剂同时使用，如三七血伤宁胶囊、神州跌打丸；本品还含有甘草，也不宜与甘遂、大戟、海藻、芫花同时使用，如祛痰止咳颗粒、舟车丸、乳癖消片、心通口服液。因为这些药属于中药中所说的“十八反”，联合使用容易出现严重的毒副反应。
本品与其他药物同用，也可能出现相互作用，若使用本品前正在服用其他药，或者服用本品期间需要使用其他药品，请您提前咨询医师或者药师，以排除合并用药禁忌。
用药期间，除了需要注意合并用药外，还应避免让患处接触热水，不然可能会导致症状加重，也不能同时吃温热性药物，如附子、干姜、肉桂、花椒、胡椒等 ，最好忌烟酒，以及辛辣、海鲜食物。如果服药7天症状未缓解，可能是药不对症，应及时咨询医师，不要再自行服药，以免耽误治疗。