使用奥利司他胶囊减肥可能会出现一定的副作用。最常见的副作用是胃肠道不适，包括油性斑点、胃肠排气增多、大便紧急感、脂肪（油）性大便、大便次数增多，少数人甚至还会出现大便失禁的情况。如果膳食中脂肪成分增加，那么这些不良反应的发生率也会相应增高，但是大部分病人在用药一段时间之后都可以得到改善。此外，有的人服药后还会出现转氨酶升高、重度肝炎、呼吸道感染、头痛、月经失调、焦虑、疲劳、泌尿道感染等症状。一旦出现任何严重不适，应当及时停用奥利司他胶囊，并到医院接受相关的治疗。
如果想要减肥，最好还是控制饮食、增强体育锻炼，尽量少吃减肥药。减肥期间，不要吃过多的肉类、油炸食品，少吃甜品、零食，保持清淡、均衡的饮食，减少热量的摄入，可以把每天摄入的碳水化合物、蛋白质、脂肪、水果、蔬菜规定一个量，定量食用。此外，还应制定合理的运动计划，定期进行体育锻炼，通过锻炼有效地消耗热量。只有管住嘴、迈开腿，才能做到健康、不反弹的减肥。