苦参凝胶具有抗菌消炎的作用，对妇科慢性炎症有较好的治疗效果，比如宫颈糜烂、赤白带下（白带中夹杂着血丝）、滴虫性阴道炎、阴道霉菌感染等。但患者需要注意，本品为处方药，需要在医师指导下使用，不要自己盲目用药，以免发生用药风险。
苦参凝胶为阴道用药，应避开月经期使用，可在每晚临睡前，清洗双手和外阴后，将本品推入到阴道深处，给药后，不建议再剧烈运动，以免药液流出，影响治疗。
刚开始使用本品时，由于药物对阴道黏膜的刺激，部分患者用药部位会有烧灼感，但不适感通常可以逐渐消失，如果出现严重的刺痛症状，或者伴有瘙痒难耐的表现，可能是对药物过敏，请停药并及时到医院就诊，需要在医师指导下冲洗出残留的药物和更改用药。使用本品之后，阴道内也会排出一些分泌物，通常都是正常情况，不要过于担心。治疗期间，不可以同房，以免导致病情加重或者伴侣出现感染。