苦参凝胶具有抗菌消炎的功效，用于宫颈糜烂、赤白带下（白带中夹杂着血丝）、滴虫性阴道炎、阴道霉菌感染等妇科慢性炎症。由于本品是处方药，医生开药前会帮助患者排除用药禁忌，所以只要遵医嘱用药一般都没有问题，患者不要自己盲目应用。孕妇应避免使用本品，以免操作不当，导致流产。
由于苦参凝胶为阴道用药，使用应避开月经期。给药后不可以过早站立，应至少平躺30分钟，建议最好在临睡前用药。用药期间，也不能同房，以免导致病情加重或者伴侣出现感染等。患者也不可以擅自长时间使用本品，不然会导致阴道内正常的菌群失调，反而容易再次引发炎症。
刚开始使用本品时，由于药物对阴道黏膜的刺激，部分患者用药部位会有烧灼感，但不适感通常可以逐渐消失，如果出现严重的刺痛症状，或者伴有瘙痒难耐的表现，可能是对药物过敏，请及时到医院就诊，不要再继续用药。