防风通圣散是一首方剂，需要拿着中医大夫开的方子在中药房抓药，然后按照医嘱服用，医生开药前是会排除用药禁忌的，所以可以放心用药。目前药店一般都有出售防风通圣散制成的中成药，比如防风通圣丸或防风通圣颗粒，颗粒剂为处方药，同样需要按照医嘱服用；丸剂为非处方药，患者可以自行购买使用，但最好先找医生明确诊断。
应用防风通圣丸时应注意，孕妇、高血压、心脏病患者慎用。有肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者，以及儿童、哺乳期妇女、年老体弱者、脾虚便溏者（大便次数增多且不成形），应在医师指导下服用。发热体温超过38.5℃的患者，以及用药后出现荨麻疹等类似的皮肤症状者（属于药物过敏），应立即去医院就诊。服用后大便次数增多且不成形者，应酌情减量。本品含有的苦寒药物较多，长期应用可能损伤机体脾胃正气，所以不宜久服。服药三天后症状没有缓解的患者，应去医院就诊。另外，如果用药期间需要使用其他药物，建议先咨询医师或药师，以免药物间发生相互作用，影响药物疗效或增加药物毒副作用。