连花清瘟胶囊对胃有一定的刺激，部分患者服药后会有腹胀、腹痛的情况，通常症状轻微，停药后可自行消失。但由于个体差异性，如果您用药后症状严重或者症状持续存在不消失，请及时咨询医师。
为了减少本品对肠胃的刺激，患者可以选择在饭后服用。吃药时，还应注意避免饮酒，不吃生冷、辛辣、刺激性食物，也不适合同时使用类似功效或者药性偏于寒凉的药物，如双黄连口服液。如果服药期间，需要同时使用其他药物，还请提前咨询医师或药师，以减少合并用药风险。长期或者大量服用连花清瘟胶囊，更容易引起胃部不适，所以请严格按照说明书或医嘱用药，症状消失后要及时停用。如果自行用药3天，症状不见改善，可能是药不对症，应及时咨询医师，以免耽误治疗。
连花清瘟胶囊除了可能导致胃部不适外，还可能引起过敏性皮疹，如果用药后有过敏的情况，应立即停药，症状严重者还需要及时到医院对症治疗。