脑心通胶囊不宜与阿莫西林、磺胺类药物、大环内酯类药物、呋喃妥因、利福平、吲哚美辛等合用，会增加药物不良反应的发生率；也不宜与红霉素、多西环素、异烟肼、多索茶碱、三硅酸镁、麻黄碱、甲氰咪胍、雷尼替丁、磷酸盐（磷酸氢化喹啉、可待因）、硫酸盐（硫酸亚铁）、维生素B1、维生素B6、氢氧化铝、氨茶碱、碳酸氢钠等合用，会降低药物的疗效。
本品为处方药，需要在医生的指导下使用，就诊时医生会了解清楚患者近期的用药情况，排除用药禁忌，所以患者只要按照医嘱服药就可以。服用本品期间，如果需要服用其他药物，要先咨询医师或药师，防止药物间发生相互作用，从而影响药效或增加药物的副作用。用药期间出现任何不适症状也要及时咨询医生，以免出现严重的不良反应。