牛黄上清片中含有黄连、黄柏、黄芩、连翘等中药，它们均具有抗菌作用，而且抗菌谱较广，所以不宜与活菌制剂如乳酶生、整肠生胶囊（地衣芽孢杆菌的活菌制剂）等合用，以免使活菌被抑制而降低疗效。
另外，本品也不宜与胃蛋白酶同时服用，因为黄连素（小檗碱）对胃蛋白酶的活性有直接抑制作用，可使胃蛋白酶的消化活力降低，黄连、黄柏等也对胰酶的活性有抑制作用，使胰酶对蛋白质的消化作用降低。用药期间也不宜同时服用温补性中成药（附子理中丸、金匮肾气丸、健脾丸等），因为这些药与本品药性相反，相互之间会影响药效；也不要吃辛辣食物。
患者可以自行购买服用本品，服用本品前如果正在服用其他药物，或者用药期间需要服用其他药物，都要先咨询一下药师，防止药物间发生相互作用，从而影响药效或增加药物副作用。