慢性附睾炎主要由病原微生物感染引起。常见的病原体包括厌氧菌、支原体、衣原体等，而真菌等较为少见。

1、由于附睾管可通过尿道、射精管、输精管与外界相通，故病原微生物可经过尿道、射精管、输精管进入附睾，发生逆行感染而致病。

2、附睾管内常常缺氧，容易使厌氧菌繁殖、活跃，进而造成感染。