和胃整肠丸通常建议饭后服用，以免对胃肠造成刺激，但是不要饭后立马吃，在饭后一个小时到一个半小时服用都是可以的。服药期间饮食要以清淡为主，不吃辛辣，油腻，刺激性的食物。也不要在服药期间同时服用滋补性中药，如党参、黄芪、当归、肉桂等。
本品服用后可能出现口干、便秘、出汗减少、口鼻咽喉及皮肤干燥、视力模糊、排尿困难（老人）等副作用，所以前列腺肥大、青光眼患者禁用，以免加重排尿困难、视力模糊等。孕妇和哺乳期妇女也要禁用本品。
有高血压、心脏病、糖尿病、肝病、肾病等慢性病严重者，以及儿童、年老体弱者，应在医师指导下服用本品，这些患者如果自行用药会更容易出现风险。有慢性结肠炎、溃疡性结肠炎便脓血等慢性病史的患者，如果出现泄泻应去医院就诊，也不要自行用药。自行服药的患者，服药3天如果症状没有缓解，也应去医院就诊。