二硫化硒洗剂没有毒性，作为处方药，其安全性还是比较高的，也较少引起不良反应，偶尔会引起接触性皮炎，使头发或头皮干燥，有时使头发脱色。为了避免引起头发脱色，患者在每次用药后，一定要用清水完全洗净药物，也可再加用护发素养护头发。
除了用于洗发，二硫化硒洗剂也能用在皮肤花斑癣患处，但要注意禁用于皮肤炎症、糜烂、渗出部位，也避免用在外生殖器部位。如果用药局部皮肤出现了红肿、瘙痒，也可能是发生了过敏，要及时停药并洗掉药物，必要时就医，咨询医师或药师是否需要更换药物使用。
另外，虽然安全性高，但二硫化硒洗剂也是不能用在眼、口、鼻等黏膜处的，只能用在指定患处。如果不小心溅入眼睛，要及时用大量清水洗掉药物，严重时也要去急诊，以免对眼睛引起严重刺激。外用药物也绝对不能内服，避免进入口腔，所以家长也要注意把本品放在儿童不能接触的地方，防止误服。