碘酊具有强力的消毒、防腐作用，其能氧化细菌胞质的活性基团，并与蛋白质的氨基结合使其变性，从而达到杀菌作用，碘酊对细菌、真菌、病毒等都有杀灭作用，能减少皮肤上约80%的菌群。
市面上碘酊制剂浓度各有不同，其杀菌能力以及对机体的腐蚀性、刺激性与浓度成正比。目前医疗活动中最常用的浓度在2%，主要用于完整皮肤消毒，临床也将碘酊用于传染性软疣、头癣、毛囊炎、甲沟炎、早期疖肿、子宫颈糜烂、细菌性痢疾、腱鞘囊肿、滑囊炎、皮肤囊肿、舌下腺囊肿等疾病的治疗。
碘酊在日常中的使用很普遍，每次使用用棉签蘸取少量碘酊，由患处中心向外涂搽局部即可，停留数分钟完成消毒后，再用70%酒精脱碘即可，也就是脱掉碘（已经完成消毒作用了），防止碘残留对皮肤持续刺激、损伤，也能减少碘颜色在皮肤上沉着。