碘酊是在规定浓度的乙醇中提取或溶解碘或碘化钾而制成的澄清液体制剂，碘伏是碘与表面活性剂（如聚乙烯吡咯烷酮、聚乙氧基乙醇）的不定型结合物溶于水制成的，其中表面活性剂对碘起到载体和助溶作用。所以简单来说，碘酊是碘溶于乙醇制成，碘伏是碘溶于水（表面活性剂助溶）制成，但两者发挥作用的成分都是碘，都具有杀菌、消毒作用。
在用途方面，碘伏的颜色深浅与杀菌作用成正比，主要用于手术部位的皮肤消毒，以及烫伤、滴虫性阴道炎、化脓性皮肤炎症、真菌感染等治疗，也对各型牙周炎有辅助疗效。碘酊的杀菌作用则与其浓度呈正比，主要用于完整皮肤消毒，临床也用于传染性软疣、头癣、毛囊炎、甲沟炎、早期疖肿、子宫颈糜烂、细菌性痢疾、腱鞘囊肿、滑囊炎、皮肤囊肿、舌下腺囊肿等疾病的治疗。所以相对来说，碘酊的含碘量更高，杀菌能力相比碘伏更强，临床应用更加广泛。此外，除了用于患者，碘伏还能用于医疗器械、公共卫生和食品工业的消毒。
在局部刺激方面，碘伏对组织刺激性小，能直接用在皮肤、黏膜上，以及小型伤口处；而碘酊刺激性较大，通常不推荐用在黏膜以及皮肤破损处，如果外伤使用碘酊，可能引发伤口强烈烧灼感和疼痛感。所以近些年在日常应用中，碘酊其实已经逐渐被碘伏（主要是聚维酮碘）所取代，碘伏稀释液更常于局部外用消毒。还有比较方便的一点是，碘伏的碘含量相对低，涂搽后不需要做脱碘处理，碘酊则需用乙醇脱碘，以免碘残留引起皮肤损伤。
在使用方法上，碘伏和碘酊都主要作擦拭用，用于皮肤和黏膜等消毒。除了擦拭，碘伏还能作浸泡用，可将待消毒物品浸没于装有碘伏的容器中，泡30分钟达到消毒目的。碘伏还可用于冲洗阴道粘膜，作洗液用。碘酊在临床治疗中，应用更加广泛，可注射、口服等，但都属于特殊治疗方法，大家不可自行尝试。