碘伏和碘酊都是主要用于皮肤表面杀菌、抗感染的消毒防腐剂，通常来说碘酊的碘含量更高，杀菌作用更强，但对机体的刺激性也更强，所以看哪个更好取决于患者病情所需要的治疗，不能一概而论。以下做一些两者对比，大家可以根据自己的需求选择，如果不知道应该选哪种，可以咨询医生或药师。
在用途方面，碘酊的杀菌能力强，临床应用也更加广泛，除了用于皮肤消毒，对多种疾病如传染性软疣、头癣、毛囊炎、甲沟炎、早期疖肿、子宫颈糜烂、细菌性痢疾等也有治疗作用。碘伏除了用作皮肤消毒，以及烫伤、滴虫性阴道炎、真菌感染等治疗，也能用于医疗器械、公共卫生和食品工业的消毒。
在局部刺激方面，碘伏对组织刺激性小，能直接用在皮肤、黏膜上，以及小型伤口处；而碘酊刺激性较大，通常不推荐用在黏膜以及皮肤破损处，如果外伤使用碘酊，可能引发伤口强烈烧灼感和疼痛感。所以近些年在日常应用中，碘酊其实已经逐渐被碘伏（主要是聚维酮碘）所取代，碘伏稀释液更常于局部外用消毒。还有比较方便的一点是，碘伏的碘含量相对低，涂搽后不需要做脱碘处理，碘酊则需用乙醇脱碘，以免碘残留引起皮肤损伤。
在使用方法上，碘伏和碘酊都主要作擦拭用，用于皮肤和黏膜等消毒。除了擦拭，碘伏还能作浸泡用，可将待消毒物品浸没于装有碘伏的容器中，泡30分钟达到消毒目的，碘伏还可用于冲洗阴道黏膜，作洗液用。碘酊在临床治疗中，应用更加广泛，可注射、口服等，但都属于特殊治疗方法，大家不可自行尝试。