不得将碘酊与碱、生物碱、水合氯醛、苯酚、硫代硫酸钠、淀粉、鞣酸合用或接触，否则这些药物会与碘形成沉淀物质，影响药效发挥。还要禁止碘酊与升汞、红汞溶液（常称为红药水）接触或同用，药物两者接触会生成碘化汞钾，增加汞毒性，可能引起患者汞中毒。
除了上述药物，如果患者还需要在涂搽碘酊的基础上，外用其他药物，最好先咨询医生或药师，有些药物在体外与碘接触可能会发生变质，影响原本药效的发挥。而且最好提前询问医生脱碘的必要性，有些与碘会发生反应的药物如果在脱碘处理后再使用，或许也是可以合用的。
除了外用药物，碘酊通常与内服药物不会发生相互作用，因为其只作用于皮肤表面杀菌消毒，通常不会影响到体内药物的作用。也要注意碘酊只能外用，禁止内服，也禁止用在眼、口、鼻等粘膜处，以及皮肤破损处，否则可引起较大的刺激性。