地衣芽孢杆菌活菌胶囊在临床上的效果很好，不良反应较少发生，因此使用起来比较安全。它主要用于治疗细菌、真菌引起的急慢性肠炎和腹泻，也可以用于其他原因所引起的胃肠道的菌群失衡。当患者出现腹痛、腹胀、腹泻、肠鸣音亢进的情况时，可以通过服用地衣芽孢杆菌活菌胶囊来帮助改善。地衣芽孢杆菌进入肠道后，对身体中的葡萄球菌、酵母样菌等致病菌起到拮抗的作用，对有益菌，比如双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌等，则能够促进其生长，从而调节肠道的菌群平衡，达到治疗的目的。
本品是活菌制剂，平时不能放在高温处保存，溶解时水温也不要超过40℃，否则可能使药物失效。婴幼儿、吞咽困难的患者，可以打开胶囊，将药粉加入少量温水或奶液混合后服用。有些患者会经常地使用地衣芽孢杆菌活菌胶囊来调理肠胃，但这样存在一定的风险，因为长期服用本品，会使胃肠道自身的调节功能下降，有时还会导致或加重腹泻的情况，一般来说服用1周就可以停药。抗菌药（如青霉素、头孢类药物）与地衣芽孢杆菌活菌胶囊合用时可减低其疗效，故不应同服，必要时可间隔3小时再服用。
