子宫内膜异位症的病因尚未十分清楚，目前比较公认的发病机制为经血逆流学说。即在月经期间，有生长活性的子宫内膜顺着月经血，从输卵管逆流到盆腔，发生种植，可以种植到腹膜、卵巢、膀胱、直肠或输尿管等处。如果种植到卵巢上，可形成卵巢上的囊肿，医学称之为卵巢巧克力囊肿。此外，还有部分人群的子宫内膜可以异位种植到鼻腔、肺，甚至颅内等处。