目前尚无任何一种药物能够彻底治愈子宫内膜异位症，但可在医生指导下，应用以下药物来控制或缓解症状。
1、口服避孕药
对于子宫内膜异位症的生长可起到暂时的抑制作用。如较小的巧克力囊肿患者，可考虑使用口服避孕药，以控制子宫异位病灶的生长，或延缓生长速度。
2、地诺孕素
地诺孕素为孕激素类药物，可使内膜异位病灶缩小，是为了治疗子宫内膜异位症而专门研制的药物。
3、GnRH-a
即促性腺激素释放激素激动剂，一般为肌肉注射或皮下注射，可使子宫内膜异位病灶缩小甚至萎缩。
需注意，上述药物虽然可起到一定的治疗作用，但如果患者没有绝经，一旦停药，病灶有可能复发。因而，药物治疗常作为辅助治疗手段，如在围手术期或术后需要长期管理时使用，以减少复发。
