卵巢囊肿是否会导致不孕主要与卵巢囊肿的情况有关。卵巢囊肿根据其形成是否与月经周期有关，可分为：

1、生理性卵巢囊肿：与月经周期有关，是由于卵巢的功能性改变而形成的潴留囊肿。如卵泡囊肿、黄体囊肿等。其可能随着月经周期的改变而自行消失，一般不会导致不孕。但如果是由于反复不排卵而形成的残留卵泡囊肿，则会对妊娠产生一定的影响。

2、病理性卵巢囊肿：与月经周期无关联，如畸胎瘤、巧克力囊肿等。可能会对妊娠产生一定的影响。但部分因异位的子宫内膜在卵巢内生长而形成的巧克力囊肿，甚至可通过怀孕等方式治疗。一般认为，若病理性囊肿大小超过了4公分（厘米），甚至达到了5公分（厘米），通常需要手术治疗。