滋养细胞肿瘤的治疗以化疗为主，辅助相应的手术治疗。主要是以5-氟尿嘧啶为主的一些化疗方案。5-氟尿嘧啶对肠道肿瘤有效，对滋养细胞肿瘤也有一定效果。此外，我国的以5-氟尿嘧啶为主的一些化疗方案在2018年也纳入FIGO（国际妇产科联盟）指南，被国际社会所接受。