牛黄解毒丸不能直接吞咽，本品一般是大蜜丸，直接吞咽会比较困难，容易噎住而导致窒息，而且整丸服用在胃里也比较难溶解吸收，通常可以捏成多个小丸再用水送服。另外，本品含有较多苦寒类的中药，对胃肠道的刺激比较大，一般饭后服用。
服用本品后可能出现腹泻、腹痛、恶心、呕吐、口干、胃不适；皮疹、瘙痒、面部水肿；头晕、头痛、嗜睡、失眠、心悸、呼吸困难、胸闷、血尿等不良反应，有时还会引起过敏反应，轻者出现皮肤瘙痒、固定性红斑；有的出现猩红热样皮疹，更多的出现荨麻疹；较重者出现剥落性皮炎或同时伴有全身症状和内脏损害，出现上述不良反应，应及时咨询医生。
本品含有雄黄，不可超剂量或长期服用，否则有出现砷中毒的可能，也不宜与含雄黄的其他药品同时服用，合用其他药物之前请先咨询医生。用药期间要注意饮食清淡，不要吃辛辣刺激、油腻的食物，还要有规律的生活，适当锻炼，学会放松减压。