小儿碳酸钙D3颗粒用于儿童钙补充，通常是一次1袋，一日1次，颗粒用适量温开水冲泡，待完全溶解后再喂服。冲调水温不宜超过四十度，以免破坏其中的营养成分，达不到补充效果。
使用过程，孩子可能会出现便秘、打嗝的副作用，过量服用可发生高钙血症，偶可发生奶-碱综合征，表现为高血钙、碱中毒及肾功能不全，具体症状有呼吸变慢、精神躁动、嗜睡及尿变少、手脚抽搐等。所以，治疗期间药物要放在高处，不能让孩子够到，避免孩子大量服用。
并不是所有缺钙的孩子都适合服小儿碳酸钙D3颗粒，患有高钙血症、高尿酸血症的患者不能服用；对本品过敏者禁用，过敏体质者慎用，心肾功能不全者慎用；肾结石患者应在医师指导下使用。如果使用时发现小儿碳酸钙D3颗粒的性状发生改变，禁止使用。
由于小儿碳酸钙D3颗粒中含有矿物质钙，会与多种药物发生药物相互作用，可能引起药效降低或是引起某些不良反应。所以服药过程中如果要合用其他药物，请提前咨询医生，避免合并用药风险。