牛黄上清丸和黄连上清丸都属于降火药，二者的区别主要在于配方和功效两方面。
黄连上清丸是由黄连、栀子、连翘、蔓荆子、防风、荆芥穗、白芷、黄芩、菊花、薄荷、酒大黄、黄柏、桔梗、川芎、石膏、旋覆花、甘草组成，其中黄连、黄芩、栀子和大黄虽然也起着清热降火、解毒、通便的作用，但由于缺少牛黄，所以清热降火除烦及镇惊的功能不如牛黄上清丸强；本品配伍菊花能够清肝明目，配伍荆芥穗能够理头风而止头痛。
因此，黄连上清丸在临床上常用于治疗一般火盛所导致的头痛、头晕目眩、口舌生疮、咽喉肿痛、牙龈红肿、大便干燥等症。
牛黄上清丸在黄连上清丸的基础上，增加了牛黄和冰片，牛黄是寒凉之品，冰片有开窍醒神的作用，所以，感冒高热甚至伴有昏沉者尤其适用。牛黄上清丸其清热散风作用强，又可泻火止痛，主治热毒内盛、风火上攻所导致的头痛眩晕、眼睛发红、耳鸣、咽喉肿痛、口舌生疮、牙龈肿痛、大便干燥等。
总的来说，牛黄上清丸的作用更强，还能够开窍醒神，但对于患者来说并不是作用越强的药品越好，患者需要根据自身的症状来选择合适的药物，一般的上火症状建议选择黄连上清丸就可以，牛黄上清丸更适合治疗高热伴有昏昏沉沉甚至神志不清的重度感冒患者。
