牛黄上清丸的价格大多在5-50元一盒，本品有很多药厂都在生产，不同药厂生产的药品价格会有所差异，另外，本品有大蜜丸、水蜜丸和小蜜丸，不同的剂型其药品价格也会不同，价格还会受到销售地区、医院或药店的影响，所以最好是到附近的药店咨询一下。除了丸剂之外，市场上还有胶囊和片剂，更便于服用，身体抵抗力低下，容易风邪入侵的患者家里可以常备。
丸剂含有蜂蜜，不适宜糖尿病患者服用。此外，由于本品寒凉性较大，年老虚弱、大便稀薄的患者不能服用，以免引起腹泻、腹痛等副作用。又因为牛黄泻下的作用较强，容易导致孕妇流产，所以孕妇要慎用。心律失常、心脏病、肝病、肾病等慢性病严重者以及儿童，应在医师指导下服用。
本品饭前服用容易损伤脾胃，所以，在饭后服用较合适。服药期间不宜同时服用温补性中成药，比如附子理中丸、金匮肾气丸、健脾丸等，以免影响药效。自行服药三天后如果症状没有改善，应去医院就诊。不能擅自将本品与其他清热降火的药物同时服用，合用其他药物前都请提前咨询医师或药师。