牛黄清胃丸属于清热泻火药，含有较多的寒凉药物，其中牛黄是极为寒凉的药物，本品服用过量或者本身脾胃比较虚弱的患者，都有可能导致拉肚子。另外，本品还有润燥通便的功效，可以用于治疗便秘，也可能导致有些患者出现拉肚子的情况。牛黄清胃丸属于处方药，要经过医生的辨证诊断之后才能应用，患者不能自己应用，如果用药后出现不良反应，建议及时咨询医生，不要擅自处理。
本品用于心胃火盛、上蒸口腔咽喉所导致口舌生疮，口腔黏膜充血红赤、破溃、糜烂、渗出，灼热、咽喉肿痛，牙龈肿痛，或化脓出血，或咽黏膜、喉核充血红肿，疼痛较剧烈，伴有发热，头晕目眩，口渴欲饮，便秘尿黄；急性口炎、复发性口疮、急性牙龈（周）炎、急性扁桃体炎、急性咽炎出现上述症状者也可以应用。要严格遵医嘱用药，本品药性寒凉，多服、久服还可能出现腹痛等不良反应。
用药期间宜饮食清淡，避免辛辣刺激性食物的摄入，多吃一些新鲜的蔬菜。