牛黄清胃丸有很好的清胃泻火作用，还能够润燥通便，有改善胃肠功能及镇痛等药理作用。可以用于心火旺或胃火旺导致的多种病症，比如口舌生疮，口腔黏膜充血红赤、破溃、糜烂、渗出，灼热、咽喉肿痛，牙龈肿痛，或化脓出血，或咽黏膜、喉核充血红肿，疼痛较剧，伴有发热，头晕目眩，口渴欲饮，便秘尿黄。急性口炎、复发性口疮、急性牙龈（周）炎、急性扁桃体炎、急性咽炎出现上述症状者也可以应用。
牛黄清胃丸目前还没有发现明确的不良反应，但由于本品的主要成分牛黄，是极为寒凉的中药，而且还含有其他多种寒凉性的药物，多服、久服可能引起腹泻、腹痛等。用药后要注意观察自身的情况，如果出现不良反应，建议及时咨询医生。本品属于处方药，要经过医生的辨证诊断之后才能应用，并且要严格遵医嘱用药。用药期间饮食应清淡，避免辛辣刺激性食物的摄入，多吃一些新鲜的蔬菜。