小儿咽扁颗粒有一定的抗病毒作用。现代研究表明，本品中含有的金银花具有抗病毒、抗菌的双重作用，牛黄具有解热镇惊的作用，冰片可对抗炎性递质的释放，金果榄、射干具有广谱抗菌作用，诸药合用，可有效退热，缓解咳嗽、咽痛等，用于小儿肺卫热盛导致的咽喉肿痛、咳嗽、痰黄、口舌糜烂，也可用于治疗有上述症状的急性咽炎、急性扁桃体炎。
临床曾有研究显示本品辅助用于治疗疱疹性咽峡炎（多由病毒引起）时，可以提高治疗效果。但其毕竟属于中成药，抗病毒作用有限，患者不要盲目使用，建议在医师指导下综合使用药物治疗。
家长可以根据患儿的表现，选择使用本品治疗，但自行使用本品时，只能用于症状轻微者，如果症状严重，比如扁桃体化脓或发热体温超过38.5℃等，或者自行用药3天后，症状不见改善，应及时到医院就诊。