飞秒激光手术目前最常见的危害就是干眼症，其中半飞秒激光手术，发生干眼症的几率可能相对较高。另外，飞秒激光手术还有可能出现偏心切削或切削的范围比较小，导致患者晚上开车时易出现眩光。但总体上讲，飞秒激光手术还是比较安全可靠的。

目前近视眼手术方式最常用的是飞秒激光手术，在角膜上进行切削，而飞秒激光手术又分为全飞秒激光手术和半飞秒激光手术。全飞秒激光手术是在角膜上切两毫米的小口，对眼表的损伤相对更小。而半飞秒激光手术切口相对大一些，对眼表的损伤相对较大。