小儿布洛芬栓使用起来是比较安全的，作为国家批准的双跨类药物，已经接受过相关安全审核，在常规使用剂量范围内较少出现严重的副作用。少数患者服用后，会出现轻度的肠、胃部不适，偶尔还有皮疹、耳鸣、头痛及转氨酶升高的情况，一般停药后相关症状都会逐渐消失。出于安全起见，家长朋友们一定要遵照说明书或医嘱给孩子用药，千万不能随便增加剂量，这样不仅不会提高疗效，还可能会导致严重的不良反应，危害到宝宝的身体健康。
需要注意的是，小儿布洛芬栓不能长期使用，否则会引起肝肾功能的异常。用于解热连续使用不超过3天，用于止痛不超过5天，如果症状没有得到缓解的话，建议停药并及时去医院咨询医生。另外，小儿布洛芬栓与其他具有解热镇痛成分的药物（比如复方氨酚烷胺胶囊）同时使用会增加发生不良反应发生的可能，因此使用小儿布洛芬栓时应避免合用此类药物。由于本品为外用药，每次使用完毕后，请将本品放在儿童接触不到的地方，以防误食。