服用新复方芦荟胶囊通常一次1-2粒，一日1-2次。服药后出现腹泻的患者，可以酌情减量。为了减轻药物对胃肠道的刺激，避免引起恶心、呕吐、胃部不适等症状，建议饭后口服。本品不宜大量、长期服用，临床用药不超过2周。一般服药后1天即可出现疗效，疗效可维持2-3天。如果服药3天症状没有缓解，应去医院就诊。服药期间饮食宜清淡，忌烟、酒及辛辣、生冷、油腻食物；不宜同时服用滋补性中药，如人参、西洋参、黄芪、山药等。
本品适用于心肝火盛、便秘、腹胀、腹痛、烦躁、失眠的患者，对于排便间隔时间延长、便质改变、排便费力及腹痛、腹胀等症状疗效显著。但是孕妇禁用本品，因为芦荟有促进子宫收缩的作用，孕妇服用后可能引起腹痛、出血量增多，甚至导致流产以及骨盆内脏充血。肝肾功能不全者、哺乳期妇女慎用。高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病患者，以及儿童、年老体弱者，应在医师指导下服用。