儿童甲状腺炎的预后主要与发病原因、具体类型等有关。

1、桥本氏甲状腺炎通常不能自愈，也很难治愈。本病是由于自身免疫性的抗体对甲状腺组织进行了破坏，使甲状腺滤泡结构遭到永久性破坏，从而出现永久性的甲状腺功能减退。一般需要使用甲状腺激素来进行终身替代治疗。

2、亚甲炎（亚急性甲状腺炎）虽然也为自身免疫所引起的甲状腺功能异常，但其发病机制、发病情况等与桥本氏甲状腺炎多有不同。因此，该病可能会自愈或达到临床治愈。