麻仁滋脾丸和麻仁润肠丸在组成上有些许差异，除了都含有麻仁、大黄、苦杏仁、白芍之外，麻仁滋脾丸还加入了当归养血润肠通便；郁李仁下气润燥通便；厚朴、枳实下气破结、通便泻热，而麻仁润肠丸主要还含有木香、陈皮行气导滞。由于组成上的不同，也导致了功效作用的些许不同。
两药都可以用于胃肠积热导致的大便秘结、脘腹胀满、口苦、尿黄等，但麻仁滋脾丸相比麻仁润肠丸润肠通便、泻热的作用要强一些，症状稍重者或伴有饮食无味、烦躁不宁等表现的患者可以优先选择麻仁滋脾丸使用。
两药虽有些许差异，但通常不大，患者可以根据自己的症状选择一种使用即可。用药前应仔细阅读说明书，减少用药风险。如果自行用药3天症状不见缓解，可能是药不对症，应及时到医院就诊。