男性支原体感染主要通过抗生素治疗。若男性有很明显的不适症状，并确诊为感染型、致病型的支原体感染引起的泌尿生殖系统炎症反应。通常采用敏感的抗生素进行治疗可康复，常用的有强力霉素、美满霉素、阿奇霉素等。此外，喹诺酮类、头孢类、大环内酯类抗生素也可有一定效果；对于有耐药性的患者还可根据药敏实验选择抗菌素；也可适当使用药物对症治疗。