怀孕早期黄体囊肿一般无需特殊处理。若手术切除，可能会影响黄体水平，从而影响妊娠。

黄体对早期妊娠的维持非常重要。因为在怀孕早期，胎盘并没有形成，则比较容易发生流产。而黄体能够分泌孕激素、雌激素等，从而维持妊娠，起到保胎作用。如果黄体功能不足，则可能发生流产，通常需要遵医嘱口服地屈孕酮或肌注、口服黄体酮等孕激素进行保胎。