部分类型的毛发红糠疹存在自愈的可能。如多数经典成人型的毛发红糠疹可能在2到3年内自愈。本型患者的皮损开始呈小面积、局限性毛囊性角化，而后逐渐融合成大斑片，部分甚至可能会蔓延至全身。之后通常会进入一个稳定期。经2到3年左右，进入一个自然消退的过程。且毛发红糠疹在自行完全消退后，多数不会复发。

但大部分类型的毛发红糠疹常会反复发作、伴随终身，需要长期治疗。