黄连上清丸不能长期使用。黄连上清丸虽然能较好的缓解风热上攻、肺胃热盛导致的头晕目眩、牙龈疼痛、口舌生疮、咽喉肿痛、耳痛、耳鸣、大便秘结、小便短赤（每次小便量少且颜色深）的症状，但由于本品药性偏于寒凉，长期或者过量使用，容易加大对肠胃的刺激，导致腹痛、腹泻等胃部不适。
长期或者过量服用本品还可能导致急性肝损害，表现为食欲不振、厌油、乏力、尿黄等，所以不要长时间使用，如果自行用药3天症状不见缓解，应及时到医院就诊，而不是加大剂量等。
大部分的药物都会引起或多或少的副作用，所以不应过度依赖药品，要检查自己的生活习惯，及时进行调整，平时注意多喝水，清淡饮食，不吃或少吃辛辣、刺激、油腻性食物等，多参加锻炼，规律作息，不熬夜，增强自身抵抗力，还要注意调节情志，学会放松和减压。